Wprowadzenie Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) to jedna z największych reform w polskim systemie podatkowym ostatnich dekad. Choć termin obowiązkowego wdrożenia systemu dla większości podatników został wyznaczony na 1 kwietnia 2026 roku, przedsiębiorcy już teraz mierzą się z licznymi wątpliwościami interpretacyjnymi. Najważniejsza z nich dotyczy bezpieczeństwa finansowego nabywców: czy otrzymanie faktury w tradycyjnej formie, z pominięciem oficjalnego systemu ustrukturyzowanego, zamyka drogę do odliczenia podatku VAT? Najnowsze wyjaśnienia organów skarbowych oraz analiza przepisów dają w tej kwestii jasną odpowiedź, która dla wielu właścicieli firm może być uspokajająca. Fiskus stawia bowiem treść transakcji ponad jej formę techniczną, co ma kluczowe znaczenie w okresie przejściowym i w sytuacjach awaryjnych.
Nadchodzi rewolucja w fakturowaniu. KSeF zmieni codzienność firm
Krajowy System e-Faktur ma docelowo stać się jedynym kanałem wymiany dokumentów sprzedażowych w relacjach B2B w Polsce. Od 1 kwietnia 2026 roku większość czynnych podatników VAT będzie zobligowana do wystawiania faktur ustrukturyzowanych w formacie XML. Ustawodawca przewidział jednak szereg wyjątków, które sprawią, że faktury „analogowe” (papierowe lub PDF wysyłane e-mailem) nie znikną całkowicie z obrotu gospodarczego. Dotyczy to przede wszystkim podmiotów zagranicznych nieposiadających w Polsce stałego miejsca prowadzenia działalności, a także specyficznych procedur przewidzianych na wypadek awarii systemu lub braku dostępu do sieci.
W praktyce gospodarczej może dochodzić do sytuacji, w których sprzedawca – mimo ciążącego na nim obowiązku – wystawi fakturę poza systemem KSeF z powodu błędu, niewiedzy lub problemów technicznych po swojej stronie. Dla nabywcy, który otrzymuje taki dokument, kluczową kwestią staje się zachowanie prawa do odliczenia podatku naliczonego. Strata 23 proc. wartości zakupów z powodu błędu kontrahenta byłaby dla wielu przedsiębiorstw dotkliwym ciosem finansowym. Na szczęście, zgodnie z aktualną linią orzeczniczą, odpowiedzialność za prawidłowe wystawienie faktury w systemie spoczywa wyłącznie na sprzedawcy, a błędy w tym zakresie nie powinny automatycznie uderzać w interesy nabywcy.
Prawo do odliczenia VAT. Dlaczego transakcja jest ważniejsza niż system
Zgodnie z fundamentalną zasadą neutralności podatku VAT, podatnik ma prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług wykorzystywanych do wykonywania czynności opodatkowanych. Jak wynika z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, prawo to powstaje w momencie powstania obowiązku podatkowego u sprzedawcy, pod warunkiem posiadania przez nabywcę faktury dokumentującej transakcję. Fiskus w najnowszych interpretacjach potwierdza, że faktura wystawiona poza KSeF nie traci swojej mocy dowodowej, jeśli dokumentuje rzeczywiste zdarzenie gospodarcze.
Eksperci podatkowi podkreślają, że dla organów kontrolnych decydujące znaczenie ma tzw. materialna poprawność transakcji. Jeśli zakup faktycznie miał miejsce, towar został dostarczony lub usługa wykonana, a nabywca wykorzystuje ten zakup do działalności opodatkowanej, prawo do odliczenia zostaje zachowane. Nabywca nie ma obowiązku każdorazowej weryfikacji, czy jego kontrahent dopełnił technicznego obowiązku wysyłki dokumentu do KSeF. To rewolucyjne podejście, które zdejmuje z przedsiębiorców ciężar bycia „strażnikiem systemu” i pozwala skupić się na prowadzeniu biznesu, a nie na kontrolowaniu procesów IT swoich dostawców.
Stanowisko Krajowej Informacji Skarbowej. Przełomowa interpretacja
Warto zwrócić uwagę na interpretację indywidualną Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z końca 2025 roku (nr 0114-KDIP4-3.4012.600.2025.1.APR). Organ ten jednoznacznie wskazał, że brak wystawienia faktury w systemie ustrukturyzowanym nie pozbawia dokumentu statusu faktury w rozumieniu przepisów o VAT. Jeżeli dokument zawiera wszystkie niezbędne dane wymienione w art. 106e ustawy o VAT, może stanowić podstawę do ujęcia wydatku w ewidencji zakupów. Jest to szczególnie istotne w kontekście ewentualnych sankcji, które od 2026 roku mogą być nakładane na podatników omijających KSeF.
Fiskus wyjaśnia, że kary pieniężne przewidziane w art. 106nf ustawy o VAT są nakierowane na wystawcę faktury. To sprzedawca, który mimo obowiązku nie wystawił e-faktury ustrukturyzowanej, może zostać ukarany grzywną sięgającą nawet 100 proc. kwoty podatku wykazanego na fakturze. Nabywca pozostaje w tej relacji stroną chronioną, o ile działa w dobrej wierze i posiada dowody na realność przeprowadzonej transakcji. Taka konstrukcja przepisów ma zapobiegać paraliżowi handlu w sytuacjach, gdy technologia zawiedzie lub procesy adaptacyjne w firmach będą trwały dłużej niż zakładał ustawodawca.
Odliczenie pełne i proporcjonalne. O czym musi pamiętać przedsiębiorca
Mimo że forma faktury schodzi na dalszy plan, przedsiębiorcy nadal muszą rygorystycznie przestrzegać ogólnych zasad odliczania VAT. Jeśli zakup udokumentowany fakturą papierową lub otrzymaną poza KSeF służy wyłącznie czynnościom opodatkowanym, odliczenie przysługuje w pełnej wysokości. Sytuacja komplikuje się w przypadku tzw. sprzedaży mieszanej. Gdy firma prowadzi zarówno działalność opodatkowaną, jak i zwolnioną z VAT, konieczne jest stosowanie proporcji, o której mowa w art. 90 ustawy o VAT.
Warto również pamiętać o terminach. Prawo do obniżenia kwoty podatku należnego powstaje zazwyczaj w rozliczeniu za okres, w którym w odniesieniu do nabytych towarów i usług powstał obowiązek podatkowy, nie wcześniej jednak niż w rozliczeniu za okres, w którym podatnik otrzymał fakturę. W przypadku faktur otrzymanych poza KSeF, kluczowa dla celów dowodowych będzie data faktycznego wpływu dokumentu do firmy (np. data otrzymania wiadomości e-mail lub pieczątka wpływu na dokumencie papierowym). Dokumentacja ta będzie niezbędna w przypadku kontroli skarbowej, aby uzasadnić moment ujęcia wydatku w pliku JPK_V7.
Praktyczna lista kontrolna dla podatnika VAT w 2026 roku
Aby uniknąć sporów z urzędem skarbowym i zapewnić sobie pełne bezpieczeństwo przy odliczaniu VAT z faktur otrzymanych poza systemem KSeF, warto wdrożyć w firmie proste procedury weryfikacyjne. Poniżej przedstawiamy kluczowe kroki, które powinien podjąć każdy przedsiębiorca:
- Weryfikacja statusu kontrahenta: Regularnie sprawdzaj na Białej Liście Podatników VAT, czy Twój dostawca jest czynnym podatnikiem. To fundament prawa do odliczenia.
- Dokumentacja transakcji: Gromadź dowody potwierdzające, że zakup faktycznie miał miejsce (np. potwierdzenia odbioru towaru, protokoły wykonania usług, potwierdzenia przelewów).
- Archiwizacja dokumentów: Faktury otrzymane poza KSeF przechowuj w sposób zapewniający autentyczność pochodzenia i integralność treści, zgodnie z wymogami ustawy o VAT.
- Monitorowanie wyjątków: Upewnij się, czy Twój dostawca nie należy do grupy zwolnionej z KSeF (np. firmy zagraniczne), co czyni fakturę papierową/PDF w pełni prawidłową formą dokumentowania.
- Komunikacja z dostawcami: W przypadku otrzymania faktury poza systemem, warto wysłać zapytanie do kontrahenta o powód takiego działania. Może to być sygnał o awarii po jego stronie, co warto odnotować w wewnętrznej dokumentacji.
Podsumowując, rok 2026 przyniesie ogromne zmiany techniczne, ale fundamenty prawa podatkowego pozostają stabilne. Przedsiębiorcy nie muszą obawiać się utraty prawa do odliczenia VAT tylko dlatego, że system informatyczny kontrahenta zawiódł. Kluczem do bezpieczeństwa pozostaje rzetelność w dokumentowaniu operacji gospodarczych i dbałość o związek zakupów z działalnością generującą przychody opodatkowane. Fiskus, choć promuje cyfryzację, wciąż uznaje realne fakty gospodarcze za nadrzędne wobec cyfrowego formatu danych.